| NOMBRE CIENTÍFICO | NOMBRE VULGAR | CATEGORÍA |
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| Aburría aburrí | Pava negra, guajillo, pava azul, gruir. | |
| Agouti paca | Gua gua. borujo, paca. | |
| Alouatta palliata | Aullador negro. | CI |
| Alouatta seniculus | Mono colorado aullador. | |
| Amazilia castaneiventris | Colibrí. | V |
| Anas cyanoptera borreroi | Pato colorado. | |
| Anas cyanoptera tropicus | Zarceta colorada. | |
| Anas flavirostris altipetens | Pato de páramo. | |
| Aotus brumbacki | Mico de la noche. | V |
| Aotus lemurinus griseimembra | Marteja, martica, mico de noche. | |
| Aotus lemurinus lemurinus | Mico de noche. | |
| Aotus trivirgatus | Mico de noche, marteja. | |
| Ara ambigua | Guacamaya frentiroja. | |
| Ara ararauna | Guacamaya Pechiamarilla | |
| Ara chloroptera | Guacamaya de ala verde. | |
| Ara macao | Guacamaya bandera, tricolor. | CI-I |
| Ara manilata | Guacamaya de los moriches. | |
| Ara militaris | Guacamayo. | CI |
| Arapaima gigas | Pez pirarucu. | ** |
| Ateles belzebuth | Marimonda. | V |
| Ateles fuscipens | Mono araña. | V |
| Ateles geoffroyi | | V |
| Ateles paniscus hybridus | Marimonda, mico araña, marijuano. | V |
| Atelocynus microtis | Zorro ojizarco, zorro. | K |
| Atlapetes flaviceps | Correlón. | I |
| Attila torridus | | E |
| Balaenoptera edemi | Ballena del caribe. | |
| Balaenoptera musculus | Ballena azul. | E |
| Bangsia aureocincta | Tángara. | V |
| Bangsia melanochlamys | Tángara. | V/R |
| Bassaricyon gabbii | | I |
| Boa constrictor | Boa. | |
| Bolborhynchus ferrugeneifronsV/R | Perico. | |
| Botaurus pinnatus pinnatus | Tamborero. | |
| Brachyplatistoma filamentosum | Pez pirahiba. | |
| Bradypus variegatus | Oso perezoso. | |
| Brycon henni | Sabaleta | |
| Buthraupis wetmorei | | V/R |
| Cacajao calvus | | CI |
| Cacajao melanocephalus | Chucuto. | E |
| Caiman crocodilus apaporiensis | Babilla del Apaporis. | I |
| Caiman crocodilus chiapasus | Babilla, gorgona. | |
| Caiman crocodylus fuscus | Babilla, cachirre. | CI-V |
| Cairina mostacha | Pato real. | |
| Callimico goeldii | | CI-R |
| Cambusia aestiputeus | (San Andrés) | |
| Capito hypoleucus | | V/R |
| Carduelis cucullata | Cardenalito. | E |
| Caretta caretta caretta | Tortuga caguama, tortuga gogó. | CI-V |
| Casmerodius albus | Garza del Ganado. | |
| Cebuella pygmaea | Tití enano. | |
| Cebus albifrons cesarae | Mico cariblanco, maicero, mico bayo. | |
| Cebus capucinus | Mico capuchino. | V |
| Cephalopterus ornatus | Pájaro sombrilla. | |
| Cerdocyon thous | Zorra. | |
| Chelonia mydas | Tortuga verde, tortuga blanca. | CI-E |
| Chelus fimbriata | Mata mata. | |
| Chlorochrysa nitidissima | | V/R |
| Chlorospingus flavovirens | | K |
| Chrysemys scripta ornata | Icotea blanca, icotea. | |
| Chrysocyon brachyurus | Zorro. | |
| Chubbia imperialis | Caica. | |
| Chubbia stricklandii jamesonii | Caica sola. | |
| Cisttothorus apolinari | | R |
| Clytoctantes alixii | | E |
| Coccyzus minor abbotti | Old man bird. | |
| Coendu prehensilis | Puercoespin. | |
| Coendu vestitus | Puerco espin. | |
| Coereba flaveola oblita | Azucarero. | |
| Coleigena prunellei | Colibrí, quincha, tomineja, sun-sun. | V/R |
| Colinus cristatus bogotensis | Perdíz de la sabana de Bogotá. | |
| Columba leucocephala | Paloma cabeciblanca. | |
| Conepatus semistriatus | Zorrrillo. | |
| Coturnicops notatus | | I |
| Crax alberti | Paujil de la costa. | E |
| Crax globulosa | | I |
| Crax rubra | Paujil del Chocó. | V |
| Crocodylus acutus | Caiman del Magdalena, caimán agujo. | CI-V |
| Crocodylus intermedius | Caimán del Orinoco, llanero. | CI-E |
| Crypturellus kerriae | Tinamú del Chocó. | I |
| Crypturellus saltuarius | Chorola. | |
| Cypseloides lemosi | | I |
| Dacnis berlepschi | | I |
| Dasyprocta punctata pandora | Ñeque, gorgona. | |
| Dasypus novemcynctus | Gurre, armadillo. | |
| Dermochelys coriacea | Tortuga canal, barriguda, cana. | CI-E |
| Deroptyus accipitrinus | Kina kina. | |
| Dinomys branickii | Guagua loba, pacarana, guagua de cola. | E |
| Dusicyon microtis | | K |
| Dysithamnus occidentalis | | V/R |
| Eira barbara | Taira | |
| Eremophilus mutisii | Capitán, chimbe. | |
| Eretmochelys imbricata | Totuga carey. | CI-E |
| Eriocnemis godini | | E/Ex |
| Eriocnemis mirabilis | | R |
| Eudocimus ruber | Corocora lacre. | |
| Europyga helias | Ave sol. | |
| Eutoxeres aquila | Colibrí. | |
| Falco deiroleucus | Halcón. | |
| Falco peregrinus anatum | Halcón peregrino, halcón patero. | |
| Falco peregrinus cassini | Halcón peregrino, halcón patero. | CI |
| Felis concolor | Puma, León americano, león de montaña. | CI-V |
| Felis pardalis | Ocelote. | CI-V |
| Felis tigrina | Tigrillo. | CI-K |
| Felis wiedii pirrencis | Tigrillo,gato montés. | CI-K |
| Felis yagouaroundi | Gato colorado, moro. | CI-I |
| Florida caerulea | Garza azul. | |
| Fregata magnificiens | Tijereta. | |
| Galbula pastazae | | K |
| Galictis vittata | Grison. | |
| Gallinaga nobilis | Caica. | |
| Gambusia aestiputeus | Gambusia. | |
| Goethalsia bella | Colibrí. | |
| Goldmania violiceps | Colibrí. | |
| Grallaria alleni alleni | Hormiguero. | E/Ex |
| Grallaria alleni andaquiensis | | I |
| Grallaria gigantea | | K |
| Grallaria milleri | | E/Ex |
| Grallaria rufocinerea | | I |
| Grallaricula cucullata | | V/R |
| Gymnostinops cassini | | I |
| Hapalopsittaca amazonina | Perico multicolor. | V/R |
| Hapalopsittaca fuertesi | | E |
| Haplophaedia lugens | | V/R |
| Harpia harpyja | Aguila harpía, águila churuquera, miquera. | CI-R |
| Harpyhaliaetus solitarius solitarius | Aguila solitaria. | |
| Hydranassa tricolor | Garza tricolor. | |
| Hydrochaeris hydrochaeris ithsmius | Chiguiro. | |
| Hypophyrrus pyrohypogaster | Cacique candela. | I |
| Icterus jamaicensis | Toche. | |
| Icterus leucopteryx lawrencii | Banana bird. | |
| Iguana iguana | Iguana. | |
| Inia geoffrensis | Delfín rosado. | V |
| Ixobrychus exilis bogotensis | Gallito de agua de la sabana. | |
| Jabiru mycteria | Garzón soldado. | CI |
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| Myrmecophaga tridactyla | Oso hormiguero,oso palmero, oso caballuno, oso pajizo, oso bandera, tamandua bandeira | V |
| Nasuella olivacea | Cusumbo. | I |
| Neochen jubata | Ganso del Orinoco, pato carretero. | |
| Neomorphus radiolosus | | V |
| Netta erythrophthalma erythrophthalma | Pato carrango, zarceta negra. | |
| Noctilio leporinus | Murciélago pescador. | |
| Nothocrax urumutum | Paujil nocturno. | |
| Nyctibius grandis | Chotacabras. | |
| Odocoileus virginianus goudoti | Venado de páramo, venado gris, venado blanco, venado reinoso. | |
| Odocoileus virginianus tropicalis | Venado del cañón del Dagua. | E |
| Odontophorus atrifrons ariegatus | Perdiz. | |
| Odontophorus atrifrons atrifrons | Perdiz. | |
| Odontophorus strophium | Perdíz de monte. | V/R |
| Ognorhynchus icterotis | Loro orejiamarillo . | CI-E |
| Oreothraupis arremonops | | V/R |
| Oroaetus isidori | Aguila de copete. | |
| Oxyura jamaicensis andina | Pato turrio, pato consumidor, pato piquiazul. | |
| Oxyura jamaicensis ferruginea | Pato turrio,pato consumidor, pato piquiazul. | |
| Panthera onca | Jaguar. | |
| Parabuteo unicinctus harrisi | Gavilán andapie. | |
| Pauxi pauxi gillardi | Paujil copete de piedra, paujil de piedra. | |
| Pauxi pauxi pauxi | Paujil copete de piedra, paujil de piedra. | E |
| Pelecanus occidentalis | Pelícano. | |
| Penelope argyrotis argyrotis | Pava. | |
| Penelope argyrotis colombiana | Pava. | |
| Penelope perspicax | Pava del cauca. | R |
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| Phoenicopterus ruber | Flamenco, chicloco, tococo. | E |
| Phrynops dahli | Carranchina, tortuga parlanchina. | I |
| Phylloscartes lanyoni | | I |
| Piomopsitta haematotis | Lora. | |
| Piomopsitta pyrilia | Loro. | |
| Pipile pipile | Pava rayadora. | CI |
| Podiceps andinus | Zambullidor. | E/Ex |
| Podiceps occipitalis juninensis | Zambullidor. | |
| Podocnemis erythrocrphala | Tortuga. | K |
| Podocnemis expansa | Tortuga charapa, tartaruga, tortuga arrau. | E |
| Podocnemis lewyana | Tortuga de río, galápaga. | I |
| Podocnemis sextuberculata | Tortuga. | K |
| Podocnemis unifilis | Totuga terecay, tericaya, galápaga. | |
| Poecilia vetiprovidentiae | (Isla de providencia). | I |
| Polystictus pectoralis bogotensis | Cucarachero. | |
| Porphriops melanops bogotensis | Tingua de Bogotá. | |
| Potos flavus | Leoncito, Kinkayu. | |
| Priodontes maximus | Armadillo gigante,ocarre, armadillo trueno, | CI-V |
| | jusa trueno, tatú canasta. | |
| Procyon lotor | Mapache. | |
| Psarocolius cassini | Oropéndula. | |
| Pseudemys scripta | Tortuga de agua dulce, Icotea. | |
| Pseudodacnis hartlaubi | | V/R |
| Psophia crepitans | Tente. | |
| Pterodroma phaeopygia | | E |
| Pteronura brasiliensis | Perro de agua,lobón, ariraña. | CI-V |
| Pudu mephistophiles | Venado conejo, cansa perros, venado chonta. | I |
| Pyrrhura calliptera | | V/R |
| Rallus semiplumbeus | Chinita. | V/R |
| Rhamphastos sulphuratus | Tucan arcoiris, piquihermoso. | E |
| Rhamphastos swainsonii | Tucán. | |
| Rupicola peruviana | Gallito de roca, gallito de monte, berreador, | E |
| Rupicola rupicola | Gallito de roca. | E |
| Saguinus leucopus | Tití gris. | E |
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| Saguinus oedipus geoffroyi | Tití cabeza blanca, tití manchín, tití bebeleche. | CI-E |
| Saguinus oedipus oedipus | Tití piel roja. | CI |
| Sarcorhamphus papa | Rey gallinazo. | |
| Sciurus sp. | Ardilla. | |
| Semnornis ramphastinus | Pájaro compás. | |
| Sotalia fluvialis | Delfin de río, Bufeo. | CI-K |
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| Speothos venaticus | Perrito venadero. | CI-V |
| Spheniscus humboldti | Pingüino. | CI |
| Spinus cucullatus | Cardenalito, jilguero rojo. | CI |
| Spizastus ornatus | Aguila crestada. | |
| Spizastus ornatus vicarius | Aguila, águila calzada. | |
| Spizastus tyrannus serus | Aguila. | |
| Spizastus melanoleucus | Aguila. | |
| Sporophila insulata | Semillero de Tumaco. | E/Ex |
| Stenella attenuata | Delfin rosado. | |
| Sula dactylatra dactylatra | Bubia blanca, booby, pajaro bobo. | |
| Synallaxis cherrie | | K |
| Tajassu pecari | Manao, pecarí. | CI |
| Tajassu tajacu | Zaino. | |
| Tamandua mexicana | Tamandua | |
| Tapirus bairdii | Danta del chocó, macho de monte, danta. | CI-V |
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| Tapirus pinchaque | Danta de páramo, danta conga, danta lanuda. | CI-E |
| Tapirus terrestris colombianus | Danta de la costa. | E |
| Thryothorus nicefori | | I |
| Tinamus osgoodi hershkovitziK | Tinamú del huila, gallineta negra. | |
| Tinamus tao larensis | Gallineta azúl, perdiz de monte. | |
| Touit stictoptera | | K |
| Tremarctos ornatus | Oso andino, oso negro, oso de anteojos,oso real, oso careto, oso enjaquimado, oso frontino. | CI-V |
| Trichechus inunguis | Manatí amazónico, vaca marina, peixe boi. | CI-V |
| Trichechus manatus | Manatí del caribe, manatí de la costa, vaca marina. | CI-V |
| Tursiops truncatus | Delfin pico de botella. | |
| Tyto alba | Lechuza blanca. | |
| Vireo caribaeus | | I |
| Vultur griphus | Cóndor de los andes, buitre, kuntur(quichua). | CI |
| Xenornis setifrons | | K |